1987年，长春应化所成立“中国科学院长春应用化学研究所开发总公司”，作为研究办产业实体的管理机构。
1989年，原开发总公司改组为“中国科学院长春应用化学科技总公司”，时任中国科学院院长卢嘉锡亲自题写公司名称。
1994年，筹建了“长春热缩股份有限公司”（以下简称“长春热缩”）。 1995年6月25日，江泽民总书记亲自视察长春热缩并题词：“搞好热缩材料生产，发展高新技术产业。”
1997年10月7日，长春热缩股票在上海挂牌上市，成为中科院第一家所办上市公司。
2002年-2005年，根据科学院产业政策调整，先后完成研究所和公司下属10余家企业的股权社会化改革工作。
2004年，浙江海正集团有限公司等共同出资组建了“浙江海正生物材料股份有限公司”，建有国内第一条、世界第二条自主知识产权的万吨级聚乳酸产业化生产线。
2009年，启动高新北区中试、孵化园区建设。
2011年，筹建“浙江中科应化科技有限公司”、“哈尔滨应用化学工程中心”。
2013年，筹建“吉林省中科应化化工新材料孵化器有限公司”。
2014年，获首批国家知识产权局“知识产权运营示范机构”支持。
2016年，筹建了“吉林省中科应化盈智知识产权运营有限责任公司”。
2019年12月，公司重新设立了董事会，对运营结构和体系进行了系统调整。
2020年，四个产业化项目纳入公司运营体系，实行事业部管理；通过了GB、GJB质量管理体系认证。
2021年10月，科技总公司完成公司化改制，由全民所有制企业改制为国有独资有限责任公司，并更名为“中科应化（长春）科技有限公司”；11月，通过国家高新技术企业认定。
2022年，参股企业“浙江海正生物材料股份有限公司”在上交所科创板上市；完成“浙江中科应化科技有限公司”股权交割和检测公司重组；国家发改委“三年行动计划”完成验收；根据省委主要领导的指示，启动“重大疾病和传染病体外诊断创新技术中心”建设，当年实现主体完工。
未来，公司将进一步加大事业部和控股企业运营的整合力度，启动“五年上市”行动计划，初步实现协同项目横向整合，事业部和控股企业销售收入稳步增长；“重大疾病和传染病体外诊断创新技术中心”投入运行，打通核酸检测试剂生产全流程，实现2类产品应用；建立所内成果转化资金遴选机制，支持2-3个具有市场前景的中试项目；持续加大与政府相关部门、长春新区精细化工园的联动力度，立足“自主创新”，服务“科技引资”，积极引入自主原创技术，着力创新合作模式，破解转化“痛点”，全力推动研究所应用成果实现规模产业化，助推属地相关产业的发展。
